Негативное контрастирование: Эта методика применяется для исследования такого биологического материала, как бактерии, вирусы и различные субклеточные частицы, и не годится для ультратонких срезов. Присоединение атомов тяжелых металлов к структурным компонентам объекта называется позитивным окрашиванием, так как при этом красится сам объект. Однако если биологический объект погружен в электроноплотное вещество, которое не окрашивает его, а создает вокруг него темный фон, то говорят о негативном окрашивании, или негативном контрастировании.

Плотное вещество может также проникать в промежутки между структурными компонентами объекта или ложиться на его наружную поверхность, способствуя, таким образом, контрастному выявлению деталей его поверхности. Этот метод, разработанный Бреннером и Хорне, позволил получить очень интересные данные, касающиеся структуры бактерий, вирусов, изолированных клеточных органелл, волокон, нитей и макромолекул.

Для негативного контрастирования использовали целый ряд солей тяжелых металлов, но особенно широкое распространение получил фосфорновольфрамовый натрий. Суспензия исследуемого материала готовится обычно в 1%-ном водном растворе фосфорновольфрамового натрия, затем суспензия из пульверизатора, либо с помощью микропипетки наносится на поверхность сетки, покрытой коллодием или формваром.

Сетки высыхают почти мгновенно и образуется тонкая пленка красителя, заключающая в себе объект. Методические приемы, используемые при негативном окрашивании, могут приводить к возникновению ряда артефактов. Например, изолированные компоненты клетки, подвергнутые ряду последовательных процедур отделения их от обычного для них окружения, помещают (как правило, без предварительной фиксации) в раствор для негативного окрашивания.

Вопрос о том, каким образом взаимодействует негативный краситель и изолированные компоненты клетки, остается невыясненным. Можно предполагать, что высушивание и последующее воздействие электронного луча также влияют на ультраструктуру. Разрешение при негативном окрашивании выше, чем разрешение, получаемое на ультратонких срезах.

При использовании фосфорновольфрамового натрия предел разрешения составляет приблизительно 12 А и определяется размером частиц высушенного красителя. Несколько лучшее разрешение достигается с помощью мелкозернистых негативных красителей, например урановой соли муравьиной кислоты Более подробно методы негативного окрашивания описаны в работе Хорне; факторы, влияющие на вид биологических объектов при негативном окрашивании, обсуждаются в статье Глауэрта.